为履行中央企业的使命与责任，推进两岸和平繁荣，促进两岸交流合作，迎接海峡两岸“三通”，原中远集团于1993年10月28日正式成立了厦门远洋运输公司。根据国务院国资委、中远海运集团的相关要求，2017年10月27日，厦门远洋运输公司改制更名为中远海运（厦门）有限公司，简称厦门中远海运。

厦门中远海运是中国远洋海运集团有限公司目前在福建地区唯一的全资二级子公司。公司目前主要从事台湾海峡客货运输业务和国际船舶管理业务，拥有和控制高速客船1艘、客滚船2艘，管理件杂货船9艘，下属合资合营企业4家。

厦门中远海运积极发挥集团的品牌优势和地处海峡西岸的区位优势，在两岸海上交流实践中做了大量首创性工作，于2007年—2009年间作为唯一航运央企相继开通了对台大、小“三通”两岸业务。“小三通”“新五缘”轮经营厦门/金门客运航线；“大三通”“中远之星”轮经营厦门/基隆、厦门/台中和浙江大麦屿/基隆三条对台客滚直航航线，为扩大两岸人员往来、促进两岸“三通”和闽台经贸合作人员往来、促进两岸融合发展做出积极贡献。

经过多年的发展，厦门中远海运已形成了独具特色的经营管理体系和企业文化，逐渐打造了大、小“三通”海上客货运输航运品牌，同时按照中远海运集团的产业规划和布局进入邮轮市场，已成为海峡西岸地区具有重要影响力的综合性航运企业。